Polvijärven kunnan organisaatio koostuu viranhaltija- ja luottamushenkilöorganisaatiosta.

Viranhaltijat vastaavat asioiden valmistelusta, päätösten täytäntöönpanosta sekä käytännön operatiivisesta toiminnasta. Viranhaltijoilla on myös itsenäistä päätösvaltaa hallintosäännön mukaisesti. Viranhaltijaorganisaatiota johtaa kunnanjohtaja.

Luottamushenkilöorganisaatio käyttää kunnassa poliittista päätösvaltaa, ja siihen kuuluvat valtuusto, kunnanhallitus ja lautakunnat. Polvijärven ylin päättävä elin on valtuusto.

Polvijärven kunnan johtoryhmään kuuluvat kunnanjohtaja, talous- ja hallintojohtaja, tekninen johtaja, perusopetuksen ja lukion rehtori. Johtoryhmän sihteerinä toimii viestintäsuunnittelija.